Research Engineer: Machine Learning and Knowledge Representation for Biodata
Research Engineer: Machine Learning and Knowledge Representation for Biodata
Location: Dublin, Ireland
Team: Accenture Labs Bioinnovation
Level: CL8
Type: Full-time, on-site (hybrid)
About: This is an opportunity to play a key role in the Accenture Labs BioInnovation team, in Dublin Ireland.
Accenture Labs BioInnovation is the biotech research arm of Accenture Labs and focuses on Artificial Intelligence, Bioinformatics, and Computational Chemistry with a strong emphasis on Machine Learning for life sciences.
The lab is co-located with The Dock, Accenture's global center for innovation.
We design and prototype new ideas that have a strategic impact on our clients’ businesses. We offer a blend of industry-related research projects and academic-oriented activities, including an open publication policy and contribution to the open-source community.
Job Description:
• Design and implement AI research prototypes for the life sciences, including genomic medicine and computational chemistry.
• Collaborate with research scientists and engineers to turn experimental methods and their output into full-fledged prototypes to showcase the impact of our research.
• Develop and implement machine learning models for de novo molecule generation, and property prediction (small molecules and biologics)
• Design and optimize deep learning architectures for molecular generation and optimization (e.g., graph machine learning, transformers, diffusion models).
• Design and implements prototypes to learn insights from multi-omics data (e.g. genomics, transcriptomics, proteomics).
• Build data ingestion pipelines to process and analyze large-scale biochemical and multi-omics datasets (e.g., SMILES, PDB, proteomics, genomics, clinical records).
• Collaborate with subject matter experts to integrate domain knowledge into our AI models and interpret results.
• Stay on top of the latest advancements in AI/machine learning, AI for drug discovery, computational chemistry, and bioinformatics.
• Write clean, well-documented code.
Required qualifications and skillset:
• MSc in Computer Science, Computer Engineering, Bioinformatics, Computational Biology, Computational Chemistry, Computational Genomics, or equivalent industry experience.
• Strong Machine Learning and Deep Learning foundations.
• Solid Python and Scientific Python programming skills (e.g. NumPy) and Machine Learning frameworks such as PyTorch.
• Prior hands-on experience with AI/ML research prototypes design and development
• Proven knowledge of parallel computing techniques for Python and GPU acceleration, to optimize model training and data processing workflows.
• Solid experience with data engineering, data ingestion, relational databases management, SQL.
• Practical experience with LLMs (frontier API-based and self-hosted/open-weight), including retrieval-augmented generation and in-context learning, PEFT (e.g., LoRA/QLoRA), and building agentic workflows.
• Working knowledge of Linux OS, shell scripting
• Hands-on experience with git and popular issue tracking systems
• Ability to work creatively and analytically in a problem-solving environment
• Eagerness to contribute to a team-oriented environment
• Excellent verbal and written communication in English
Optional skillset:
• Familiarity with Knowledge Graph technologies a plus, but not a hard requirement (e.g. RDF, RDFS/OWL, SPARQL, triplestores).
• Hands-on experience with workflow orchestration tools (e.g., Prefect) for building ML and data pipelines.
• Familiarity with common genomic data formats (e.g., FASTQ, VCF).
• Experience processing Electronic Health Record (EHR) datasets.
• Expertise in back-end development (e.g. Django, Flask)
• Previous contributions to open-source projects in the machine learning, bioinformatics or computational chemistry space.
#LI-EU
Dublin
Énoncé sur l’égalité d’accès à l’emploi, Demandes d’accommodement et Autres énoncés en matière d’emploi
Notre engagement envers l’inclusion et la diversité
Chez Accenture, l’inclusion et la diversité sont essentielles à notre culture et font partie intégrante de nos valeurs fondamentales. Nous sommes engagés à créer un environnement où nos employés sont à l’aise, sont eux-mêmes et contribuent. À l’image du Canada, le personnel d’Accenture est composé d’une très grande variété de cultures, d’origines ethniques, de croyances, d’expériences et de langues. Nous offrons un environnement inclusif, sans égard aux caractéristiques personnelles comme l’origine ethnique, la religion, le genre, l’orientation sexuelle, l’identité ou l’expression du genre, l’âge ou le handicap.
Demandes d’accommodement
Accenture s’engage à offrir l’égalité d’accès à l’emploi aux personnes handicapées ou pratiquant une religion, notamment en offrant les accommodements raisonnables nécessaires. Si vous êtes embauché par Accenture et que vous avez besoin d’accommodements pour remplir les fonctions essentielles de votre rôle, vous serez invité à participer à notre processus d’accommodement raisonnable. Les accommodements consentis pour faciliter le processus de recrutement ne sont pas une garantie d’accommodements futurs ou continus après l’embauche.
Si vous souhaitez être pris en considération pour un emploi chez Accenture, et que vous avez besoin d’accommodements pour un handicap ou une pratique religieuse, veuillez nous appeler sans frais au 1-877-889‑9009, envoyez-nous un courriel ou communiquez avec le service de recrutement.
Autres énoncés en matière d’emploi
Nous avons pour objectif d’offrir à notre personnel des postes à proximité de leur lieu de résidence. Cependant, étant donné la nature de nos activités et nos obligations envers nos clients, nos employés doivent être prêts à voyager au besoin.
Les candidats à un emploi ne sont pas tenus de divulguer les infractions pour lesquelles une grâce a été accordée.
Afin de vous offrir le processus de recrutement le plus efficace, Accenture peut utiliser l'intelligence artificielle pour déterminer la correspondance entre votre candidature et les exigences du poste auquel vous avez postulé. La décision définitive sera toujours prise par l’équipe de recrutement après avoir examiné l’intégralité de votre profil de candidat(e). Durant le processus de soumission de candidature, vous pouvez choisir de ne pas participer à ce processus de sélection par intelligence artificielle et être assuré(e) que cela n’aura pas d’impact négatif sur votre perspective d’emploi chez Accenture.
We work with one shared purpose: to deliver on the promise of technology and human ingenuity. Every day, more than 775,000 of us help our stakeholders continuously reinvent. Together, we drive positive change and deliver value to our clients, partners, shareholders, communities, and each other.
We believe that delivering value requires innovation, and innovation thrives in an inclusive and diverse environment. We actively foster a workplace free from bias, where everyone feels a sense of belonging and is respected and empowered to do their best work.
At Accenture, we see well-being holistically, supporting our people’s physical, mental, and financial health. We also provide opportunities to keep skills relevant through certifications, learning, and diverse work experiences. We’re proud to be consistently recognized as one of the World’s Best Workplaces™.
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